Rockyn är i grunden en frisk och lättfödd häst.
Det hälsoproblem som diskuteras mest inom rasen är MCOA (multiple congenital ocular abnormalities) som tidigare kallades ASD (anterior segment dysgenesis).

Det finns många bra artiklar om MCOA på nätet, mer eller mindre vetenskapliga. En summering av den fakta jag har hittat på många olika ställen är att drabbade hästar får förändringar i ögonen. I lättare (och troligen de flesta) fall får hästen ”enbart” problem med att ställa om mellan ljus och mörker – pupillen ändrar inte storlek som den borde. I grava fall blir hästen blind. Sedan finns allting däremellan. Åsikterna går isär om hur allvarlig sjukdomen är och hur många som drabbas av de allvarligare varianterna. Vissa säger att deras hästar med dubbla silvergener fungerar som vilken annan häst som helst, andra har fått avliva.  ALLA hästar med två silvergener får problemet till större eller mindre del. En nyare forskningsrapport gör gällande att det är själva silvergenen som också ger ögonproblemen.  Därför är det enkelt att undvika detta hälsoproblem – korsa inte två hästar med silvergen med varandra eftersom avkomman då i 25% av fallen kommer att få två silvergener och ögonproblem. Det gäller inte bara Rocky Mountain-hästen utan alla hästar som bär på silveranlaget. Är man osäker på om hästen bär på silveranlaget går det att göra gentest; silver färgen syns inte på exempelvis skimlar eller fuxar. På Ullekalv görs inga korsningar som kan resultera i föl med två silvergener. Viss forskning gör på senare tid även gällande att hästar med en silvergen kan ha viss synpåverkan, men man är osäkrare på till vilken grad och det verkar som om främst äldre hästar drabbas av när eller långsynthet. Läs mer här.

För några år sedan upptäckte man PSSM1 i rasen. Det verkar handla om en linje med hästar och har alltså visat sig vara ett mindre problem. RMHA testade alla föl som registrerades ett år för att se hur vanligt det var och man kom fram till att förekomsten var väldigt låg. PSSM1 orsakar korsförlamning hos häst även om hästen bara har ett anlag. Vet man om att hästen har PSSM1 finns bra rekommendationer för hur man tar hand om sin häst. På detta sätt kan många hästar vara helt besvärsfria. Man rekommenderar inte att avla på drabbade individer. Därför är alla hästar på Ullekalv testade för PSSM1 eller kan garanteras vara fria från PSSM1 genom att båda föräldrarna testats och inte har PSSM1. PSSM1 finns även hos andra raser, både i USA och Europa.

I och med att rasen är lättfödd kan även problem som har med övervikt eller överutfodring dyka upp hos rasen, exempelvis fång. Det finns även några individer som har fått sommarexem. I många av fallen kan det bero på hästar som har flyttat långt.